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诺禾致源基因测序分析

2017年，诺禾致源在全球运行25台NovaSeq、20台PacBio Sequel、30台HiSeq X、11台HiSeq 2000/2500/4000、4台MiSeq、4台NextSeq 500、6台Life Ion Proton（DA8600）、2台S5XL和5套Q Exactive™ HF-X。诺禾致源作为测序服务中心，将实现每年280,000人全基因组测序的超高通量；而全球领先的高性能计算平台和数据中心运算能力提升至1727T flops，总内存400TB，总存储60.2PB，有效地支撑着生命科学研究和医疗健康两大领域对大数据分析和存储的需求。

客户简介

诺禾致源

北京诺禾致源生物信息科技有限公司于2011年3月15日在北京中关村创立，专注于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算技术在生命科学研究和人类健康领域的应用，致力于成为全球领先的基因组学产品和服务提供者。作为目前国内基因测序领域的佼佼者，诺禾致源的业务覆盖生命科学基础科研服务、医学研究与技术服务、建库测序平台服务，为全球研究型大学、科研院所、医院、医药研发企业、农业企业等提供基因测序、质谱分析和生物信息技术支持等服务。

案例描述

HPC平台、存储系统

在诺禾成立之初，荣联科技集团即与其建立的合作关系，目前诺禾的IT系统及信息分析系统基本都是荣联科技集团为其规划建设的，包括诺禾在美国UC Davis及在新加坡、英国等地新建的海外研究中心也是荣联科技集团提供的技术支持与服务。荣联科技集团为诺禾建设的计算平台已达700+节点的规模。目前，诺禾在天津、南京、美国、新加坡、英国等地累计使用荣联科技集团存储20 PB。

一体机平台

Illumina测序仪下机的数据通常为BCL格式，每次测序完毕，均需要通过Illumina官网提供的Bcl2FastQ软件将BCL转化为fastQ文件以备分析使用。所以加快bcl2fastq处理，对整体周转时间有关键的作用。
为加快NextSeq、HiSeq、HiSeq X、NovaSeq等测序平台下机数据的格式转化处理，荣联科技集团对应用进行分析，开发推出生物信息分数据一体机，针对Bcl2fastQ软件进行了并行处理、档案串流、档案缓存等方面的优化，从硬件底层也进行了优化。目前已为诺禾在国内及英国部署了该生物信息一体机平台，用来拆分Illumina测序仪的下机数据。
以Hiseq X Ten为例，相同时间内完成同一份下机数据拆分（例如：一个flow cell，8条lane，900GB下机数据），一台分数据一体机用时50min；传统服务器需要8台，才能在相同时间内完成。分数据一体机使效率提升8.4倍。

客户收益

1）HPC平台、存储系统

荣联科技集团为用户提供从平台架构规划用户所有平台运维等用户无需投入过多IT人员，可专注自身业务。

2）一体机平台

通过一体机平台对下机数据进行拆分处理，比较得出一体机计算效率是传统服务器的8倍多，成本只有传统服务器的28%，大大节约了成本，同时提高了效率。